Дупки

Въглеродният диоксид (CO₂), който се образува от зреещите култури, не може да излезе от сиренената маса и кората и по този начин води до образуването на кухини – т.нар. (ферментационни) дупки в сиренето. Наречените „ферментационни дупки“ (например при планинското сирене) трябва да се разграничават от „разрезите“ (например при Tilsiter) – те се получават (умишлено) чрез наливане на сиренината във форми без суроватка.
При производството на сирена с големи дупки, като например Emmentaler, към млякото се добавят специфични пропионова киселина-образуващи бактерии, които през първите седмици на зреене при температури от 20 до 24 °C предизвикват образуването на типичните за тези сортове сирена дупки.